O Myotis bechsteinii é uma das espécies de morcegos mais raras que ocorrem em Portugal e em densidades muito baixas. As suas colónias reprodutoras são de pequena dimensão, variando entre 10-30 fêmeas reprodutoras. Embora seja uma espécie eminentemente florestal e em particular ligada a florestas de folhosas bem desenvolvidas (em especial de carvalhos e castanheiros), o facto do Morcego de Bechstein (Myotis bechsteinii) se tratar de uma espécie altamente sedentária com deslocações muito reduzidas faz com que esta espécie possa ser encontrada em pequenas bolsas residuais de folhosas no meio de outros habitats menos adequados. Por outro lado, tem uma população muito fragmentada, resultado da perda de habitat florestal e aliada aos seus hábitos muito sedentários, dificulta a sua expansão e ocupação de novas áreas de distribuição. De facto as espécies termófilas como o Myotis bechsteinii foram mais abundantes durante o holoceno quando os bosques mistos e temperados abundavam no nosso território, atualmente esta espécies encontra-se em regressão e a sua distribuição está cada vez mais limitada aos habitats residuais desse período.
